Qendra teatrore per femije nisi me aktivitet ne vitin 1999 si nje project I shpejte operativ per zvogelimin e efekteve te stresit te femijeve refugjate nga Kosova. projekti zgjati 5 muaj, aq sa zgjati edhe kriza e te debuarve. Gjate kesaj periudhe u realizuan mbi 20 projekte qe I animuan femijet, te rinjte dhe nje numer te madh artistesh te debuar nga Kosova, artiste nga Maqedonia dhe nga vendet e huaja. Te gjithe punuan bashke neper te gjihta kampet e te ikurve dhe qendrat e vendosjes se tyre, qe perms teatrit dhe formave te tjera te artit teatror te krijojne disa momente gazi dhe te hapin pak hapesire per shprehje creative dhe zbrazje emocionale te pervojave te renda te femijeve te ikur.
 
Keto aktivitete u perkrahen nga Sida (Agjencioni Suedez per Zhvillim) dhe FOSIM (Fondacioni Instituti Shoqeria e Hapur - Maqedoni) dhe u realizuan ne bashkepunim te afert me Organizaten Kulturore nga Stokholmi I Suedise - Interkult.
 
Perkrahja plotesuese ne kete periudhe Qendra teatrore per femije pati nga Unicef-I, IOM-I etj.
 
Duke e kuptuar fuqine e tetarit si mjet artistic por edhe si gjenerator diskutimesh dhe promotor ideshe, Qendra teatrore per femije vendosi te vazhdoje me pune, por per femijet, te rinjte dhe artistet e Maqedonise.
 
Permes perkrahjes se vazhdueshme te FOSIM dhe Sida dhe me perkrahjen e re te SDC (Agjencionit Zvicran per Ndihme), ne vitin 2000 Qendra teatrore per femije nga project u shnderrua ne Institucion te Pavarur Kulturor.
 
Po te njejtin vit Ministria e Kultures Qendres teatrore per femije ia ndau per shfrytezim dhe me te drejte renovimi objektin e Kinemase se vjeter "Napredok". Ky vendim I Ministrise se Kultures e trimeroi Qendren teatrore per femije qe te haperoje vendosmerisht ne ngritjen e vetes ne nje institucion qe mund te ze vend serioz ne jeten kulturore dhe artistike te maqedonise.